在過去的幾十年中,癌癥免疫療法極大地改變了腫瘤治療領域。不過,雖然像檢查點阻斷等治療方法可產生顯著的臨床反應,但其功效在癌癥患者或癌癥類型中并不均勻。由于腫瘤微環境的高度異質性和復雜性,需要對浸潤淋巴細胞進行分析,以表征不同類型免疫細胞的眾多基本特性,這些特性是癌癥免疫療法中許多未解決的問題的關鍵。

T細胞是一種淋巴細胞,在細胞介導的免疫調節中起重要作用。通過細胞表面上存在的T細胞受體,可以將T細胞與其他淋巴細胞(例如B細胞和天然殺傷細胞)區分開。大多數人類T細胞,稱為αβT細胞,其細胞受體上的α和β鏈重排。泓迅科技可提供T細胞受體庫測序及生信分析,以T淋巴細胞為研究目標,采用靶向擴增技術獲取TCR α&β的CDR3區域序列,并結合高通量測序技術和生物信息學分析手段,深度解析T細胞受體庫的特征,為腫瘤、感染、自身免疫等免疫相關疾病的臨床試驗、創新性治療等研究提供靈敏、精確、可靠的檢測手段。

服務優勢

  • 獨特的內部數據挖掘工具,對抗體測序結果進行預處理,降低假陽性等測序誤差
  • 完備的生物信息學分析,經驗豐富的抗體研究團隊,專有的抗體大數據平臺,深度挖掘高價值信息
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    1. 服務流程

      T細胞抗體測序分析服務流程

      泓迅經典案例

      泓迅科技根據客戶所提供的樣品,提取RNA,通過RACE等擴增方法,構建T細胞庫,并通過高通量測序和后續的生物信息學分析,出具完整的T細胞組庫分析報告。
      結果展示:
      (1) VDJ 基因參考序列比對
      利用軟件將每個樣本測序得到的序列與數據庫中記錄的 VDJ 基因參考序列進行比對,根據比對結果去除無效的序列,包括未必對上、含終止密碼子的序列。根據每條序列的比對結果,確定相應的 VDJ 基因的使用情況和具體的 CDR3 區域序列。

      (2) VDJ 基因使用頻率分析

      Table 1 TRA樣本中 V 基因使用頻率統計

      Gene_name Chain type Reads Frequency
      T21 TRA 158837 0.21722
      T13-1 TRA 85909 0.117486
      T9-2 TRA 81985 0.11212
      T38-2/DV8 TRA 50525 0.069096
      T4 TRA 37409 0.051159
      T20 TRA 24028 0.03286
      T2 TRA 23311 0.031879
      T7 TRA 22040 0.030141
      T12-1 TRA 19884 0.027193
      T5 TRA 17587 0.024051
      T1-2 TRA 16149 0.022085

      T細胞抗體測序分析服務1
      T細胞抗體測序分析服務2

      T細胞抗體測序分析服務3 T細胞抗體測序分析服務4

      (3) CDR3 區域長度分析

      CDR3 區域長度分析

      (4) CDR3種類分析

      Table2 TRA測序統計CDR3氨基酸序列長度

      CDR3 Reads Frequency len
      DNNNDMR 3560 0.004869 7
      VISRTL 1688 0.002308 6
      AVTGNQFY 1397 0.00191 8
      AVDSNYQLI 899 0.001229 9
      AVNSGNTPLV 847 0.001158 10
      AVNRDDKII 718 0.000982 9
      AVEYGNKLV 700 0.000957 9
      AATDSWGKLQ 696 0.000952 10
      AVTSGSRLT 690 0.000944 9
      SRTL 676 0.000924 4
      AVQGGSEKLV 661 0.000904 10
      LVGDTGRRALT 540 0.000738 11

      Table 3 TRA測序統計CDR3核酸序列長度

      CDR3 Reads Frequency len
      GACAATAACAATGACATGCGC 3560 0.004869 21
      GTGATATCCAGAACCCTG 1533 0.002096 18
      TCCAGAACCCTG 676 0.000924 12
      GCTGTGGATAGCAACTATCAGTTAATC 647 0.000885 27
      GCTGTGGAATATGGAAACAAGCTGGTC 644 0.000881 27
      GCTGTGAACAGAGATGACAAGATCATC 599 0.000819 27
      GCTCTGAGTGACAATGACATGCGC 513 0.000702 24
      GCTCTGAGTGAATATGGAAACAAGCTGGTC 507 0.000693 30
      GCAGAGAGTTATAATGCAGGCAACATGCTCACC 493 0.000674 33
      GCTGTGAGTGGAGGCTTTGGGAATGTGCTGCAT 487 0.000666 33
      GCTGTGAGAGCCCCGACGTACAGCAGTGCTTCCAAGATAATC 407 0.000557 42

      CDR3種類分析

      (5) 序列總長排序

      Table4 TRB氨基酸序列總長reads數

      氨基酸基因序列長度 氨基酸數目 豐度
      1491 147 0.096324
      620 139 0.044324
      540 143 0.040395
      516 147 0.041955
      496 141 0.043976
      433 145 0.041868
      366 109 0.041762
      387 148 0.039055
      504 143 0.042773
      260 148 0.032298

      (6) 樣本測序飽和度分析

      樣本測序飽和度分析 樣本測序飽和度分析1

      (7) V基因與J基因組合在兩個樣本內相同組合的差異,體現在相關序列的Reads數的變化

      T細胞抗體測序分析服務5

      服務詳情

      服務名稱 主要內容 分析軟件 交付周期 交付項目
      T細胞抗體測序分析服務 測序數據挖掘;
      抗體信息分析等
      R, Python
      Software等
      7~10天 分析報告

      * 如需訂購抗體測序服務,請了解相關服務:雜交瘤細胞抗體基因測序、抗體組庫/免疫組庫測序,或詳詢support@synbio-tech.com。

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